Sofyan Jacob tak terima dengan keputusan tersebut lantaran dinilai bertentangan dengan Undang Undang Nomor 2 Tahun 2002 yang menyebutkan anggota Polri pensiun berumur 58 tahun, sementara saat itu Sofyan Jacob baru berusia 55 tahun.
Sofyan Jacob menggugat Megawati dan Kapolri Dai Bakctiar ke PTUN. Hasil gugatan, Sofyan Jacob menang di tingkat banding. Namun belakangan ia mencabut gugatannya dengan alasan telah ikhlas.