Namun, jabatan sebagai pimpinan Polda Metro Jaya tak berlangsung lama. Sofyan Jacob diberhentikan dari jabatannya pada 18 Desember 2001.
Sofyan Jacob diduga pernah melakukan pemberontakan terhadap perintah atasan atau insubordinasi.
Selain itu, pada 2011 Sofyan Jacob sempat dilaporkan seusai mengancam Satuan Keamanan (Satpam) Perumahan Taman Resort Mediterania, Jakarta Utara bernama Sugeng Joko Sabiran.
Nama Sofyan Jacob kembali menjadi perbincangan pada 2019. Ia bersama dengan sejumlah purnawirawan TNI dan Polri masuk dalam kubu pendukung Capres Cawapres nomor urut 02 Prabowo Subianto - Sandiaga Uno.
Baca Juga: Kronologis Eks Kapolda Metro Jaya Sofyan Jacob Jadi Tersangka Makar
Sofyan Jacob juga aktif menghadiri berbagai rapat tim pemenangan Prabowo Subianto - Sandiaga Uno di kediaman Prabowo Subianto di Jalan Kertanegara, Jakarta Selatan.
Salah satu rapat yang dihadiri oleh Sofyan Jacob adalah rapat yang diselenggarakan pada 22 Mei 2019.