KTU berkewajiban menyediakan sumber dana dan melakukan pembangunan dari air menjadi 3 dermaga yakni Pier I, II dan III sepanjang 5.350 meter ditambah supporting area 100 ha sedangkan kontribusi KBN hanya melengkapi perizinan, menyediakan akses jalan dan goodwill berupa garis pantai sepanjang 1.700 meter dari cakung drain hingga sungai Blencong, sehingga komposisi saham KCN adalah KTU sebesar 85% dan KBN sebesar 15%, namun saham KBN sebesar 15% tidak akan terdelusi jika terjadi penambahan investasi KTU kepada KCN.
Pada 2011, upaya mendapatkan izin badan usaha pelabuhan serta perizinan pembangunan Pier I, II, III telah diambil alih oleh KCN dan pembangunan pun dimulai pada tahun 2012.
Saat KCN telah merampungkan hampir seluruh dermaga Pier I dan setengah Pier II, terjadi insiden pemblokiran akses menuju area pembangunan oleh KBN, 4 bulan gerbang masuk KCN diblokir mobil pemadam kebakaran akhirnya memaksa KTU untuk duduk dan menyetujui perubahan perjanjian kerjasama dengan KBN pada tahun 2014.
Perubahan yang termuat dalam Addendum III tersebut menetapkan kepemilikan saham KBN dan KTU dalam KCN masing-masing 50%.
Untuk membeli saham KTU pada KCN, KBN harus melengkapi syarat penambahan modal namun tenggat waktu yaitu 15 bulan pascateken Addendum III, KBN tidak memenuhi syarat setoran modal tambahan dengan alasan tidak disetujui pemilik saham, Menteri BUMN dan Gubernur DKI Jakarta.
Pada Desember 2015 KBN bersurat dan meminta KTU untuk kembali kepada perjanjian awal, yakni kepemilikan saham KTU 85% dan KBN 15% di KCN, serta pengembalian setengah dermaga Pier II dan Pier III, kesepakatan itu disusun dalam Addendum IV yang dibuat oleh Jaksa Pengacara Negara sebagai pihak yang paling kompeten dan netral.