Syafruddin diduga terlibat dengan kasus penerbitan Surat Keterangan Lunas (SKL) dalam Bantuan Likuiditas Bank Indonesia (BLBI) bersama Dorojatun Kuntjoro Jakti, mantan Ketua Komite Kebijakan Sektor Keuangan (KKSK), kepada Sjamsul Nursalim dan Itjih S. Nuraslim selaku pemegang saham pengendali Bank Dagang Negara Indonesia (BDNI) pada 2004.
Syafruddin didakwa melanggar Pasal 2 ayat 1 atau Pasal 3 Undang-undang Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dalam UU Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi junto Pasal 55 ayat 1 kesatu KUHP.