Lima insiden ledakan terjadi, yakni pada Minggu (13/5) bom bunuh diri di tiga gereja berbeda, yakni Gereja Katolik Santa Maria Tak Bercela di wilayah Ngagel, GKI Wonokromo Jalan Diponegoro, dan Gereja Pantekosta di Jalan Raya Arjuno.
Kemudian, Minggu malam sekitar pukul 20.00 WIB bom meledak di Rusunawa Blok B lantai 5 Kelurahan Wonocolo, Kabupaten Sidoarjo, serta pada Senin (14/5) pagi pukul 08.50 WIB bom meledak di pintu masuk Mapolrestabes Surabaya.