UIN Sunan Kalijaga melakukan pembinaan khusus buat para mahasiswi yang mengenakan cadar. Pembinaan tersebut berupa bimbingan konseling, yang mana para konselor terdiri dari sejumlah dosen dari lintas keilmuan.
Selain itu, orang tua wali mahasiswi bersangkutan juga dipanggil oleh tim konselor. Apabila setelah menjalani konseling beberapa kali namun tak ada perubahan, maka mahasiswi itu dipersilahkan pindah kampus.