Hasil audit investigatif BPK menyimpulkan adanya indikasi penyimpangan dalam pemberian SKL kepada BDNI, yaitu: SKL tetap diberikan walaupun belum menyelesaikan kewajiban atas secara keseluruhan.
Nilai Rp4,8 triliun terdiri dari: Rp1,1 triliun yang dinilai suistanable dan ditagihkan kepada petani tambak. Sedangkan Rp3,7 triliun tidak dilakukan pembahasan dalam proses restukturisasi yang menjadi kewajiban obligor yang belum ditagihkan.
Dari nilai Rp1,1 triliun itu kemudian dilelang oleh Pusat Pemulihan Aset dan didapatkan Rp220 miliar. Sementara sisanya Rp4,58 triliun menjadi kerugian negara. Sebelumnya, KPK menduga kerugian negara yang disebabkan oleh kasus BLBI hanya Rp3,7 triiun. Namun, ternyata angka tersebut bertambah 0,88 triliun sehingga menjadi Rp4,58 triliun.
Dalam kasus ini, Syafrudin diduga menyalahgunakan kewenangan terkait penerbitan SKL tersebut. Perbuatan Syafruddin juga diduga menguntungkan sejumlah pihak dan merugikan keuangan negara mencapai Rp4,58 triliun.
Baca Juga: Cerita Soal Boediono ke KPK, Dia Minta Diperiksa Kasus BLBI
Akibat perbuatannyan dia disangkakan melanggar Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dalam UU Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi Jo Pasal 55 ayat (1) kesatu KUHP.