Ia juga mendapat gelar doktor kehormatan di bidang teologi dari Universitas Luzern, Swiss.
Sementara pada 13 Agustus 2015, Presiden Joko Widodo menganugerahkan Franz Magnis Bintang Mahaputra Utama pada 13 Agustus 2015, berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 83/TK/TaHUN 2015 tanggal 7 Agustus 2015.
Anugerah Bintang Mahaputra Utama itu diberikan pemerintah atas jasa-jasanya di bidang kebudayaan dan filsafat.
Baca Juga: Susi: Saya Masih Ingin Tenggelamkan 90 Kapal Asing