Novanto yang juga ketua umum Partai Golkar, diduga ikut mengatur agar anggaran proyek e-KTP senilai Rp5,9 triliun yang disetujui oleh anggota DPR.
Selain itu, Novanto diduga mengondisikan pemenang lelang dalam proyek e-KTP. Bersama pengusaha Andi Agustinus alias Andi Narogong, Novanto diduga ikut menyebabkan kerugian negara Rp2,3 triliun.