Sebenarnya, KPK mulai bergerak mengusut dugaan penyimpangan SKL BLBI pada 2008 saat masih di bawah kepemimpinan Antasari Azhar. Saat itu, lembaga antirasuah membentuk empat tim khusus buat menyelesaikan kasus BLBI, sebelumnya mentok saat ditangani oleh Kejaksaan Agung. Kasus ini ditelusuri selepas operasi tangkap tangan kasus suap dari pengusaha Artalyta Suryani alias Ayin terhadap mantan Jaksa Urip Tri Gunawan. Saat itu, Urip juga menjabat sebagai Ketua Tim Jaksa Penyelidik Kasus BLBI.
Salah satu tim bertugas untuk menangani perkara yang dihentikan Kejaksaan karena telah menerima SKL, termasuk kasus mantan pemegang saham BDNI, Sjamsul Nursalim, mempunyai utang sebesar Rp28,4 triliun.
Berdasarkan hasil pemeriksaan penyelesaian kewajiban pemegang saham (PKPS) oleh Badan Pemeriksa Keuangan, nilai penjualan dari aset Salim yang diserahkan ke BPPN untuk penyelesaian BLBI ternyata hanya 36,7 persen atau sebesar Rp19,38 triliun, dari Rp52,72 triliun yang harus dibayar.
Meski demikian, pemerintah justru mengampuni beberapa pengutang lewat penerbitan SKL. Mekanisme penerbitan SKL yang dikeluarkan BPPN berdasarkan Inpres Nomor. 8 Tahun 2002 saat kepemimpinan Presiden Megawati dan Ketetapan MPR Nomor 6 dan 10. Saat itu Megawati mendapat masukan dari mantan Menteri Keuangan Boediono, Menko Perekonomian Dorodjatun Kuntjoro Jakti, dan Menteri BUMN Laksamana Sukardi buat menerbitkan SKL.
Penerbitan SKL menjadi dasar bagi Kejaksaan Agung untuk menghentikan penyidikan (Surat Perintah Penghentian Penyidikan) terhadap sejumlah pengutang. Selain Sjamsul, ada beberapa pengusaha lain diduga mengemplang turut dihentikan penyidikannya. Yakni The Nin King dan Bob Hasan, yang telah mendapatkan SKL dan sekaligus release and discharge dari pemerintah.
Dalam hasil audit BPK, dari dana BLBI sebesar Rp144,5 triliun yang dikucurkan kepada 48 bank umum nasional, sebanyak Rp138,4 triliun dinyatakan merugikan negara. Sedangkan dalam audit Badan Pengawasan Keuangan dan Pembangunan terhadap 42 bank penerima BLBI menemukan penyimpangan sebesar Rp54,5 triliun. Sebanyak Rp53,4 triliun merupakan penyimpangan berindikasi korupsi dan tindak pidana perbankan.