Markus Nari adalah salah satu anggota DPR yang disebut dalam dakwaan mantan Direktur Jenderal Kependudukan dan Pencatatan Sipil Kementerian Dalam Negeri Irman dan mantan Direktur Pengelolaan Informasi Administrasi Kependudukan pada Dukcapil Kemendagri Sugiharto dalam kasus e-KTP.
Dalam dakwaan disebutkan guna memperlancar pembahasan APBN-P Tahun 2012 tersebut, sekitar pertengahan Maret 2012 Irman dimintai uang Rp5 miliar oleh Markus Nari selaku anggota Komisi II DPR.
Untuk memenuhi permintaan tersebut, Irman memerintahkan Sugiharto meminta uang tersebut kepada Direktur Utama PT. Quadra Solution Anang S. Sudiharjo yang merupakan anggota konsorsium PNRI.
Atas permintaan itu, Anang hanya memenuhi Rp4 miliar yang diserahkan kepada Sugiharto di ruang kerjanya. Selanjutnya, Sugiharto menyerahkan uang tersebut kepada Markus Nari di restoran Bebek Senayan, Jakarta Selatan. Namun dalam sidang 6 April 2017 lalu, Markus yang menjadi saksi dalam sidang membantah hal tersebut.