Antasari kemudian terjerat kasus pembunuhan terhadap Nasrudin Zulkarnaen.
Nasrudin meninggal secara tragis pada 15 Maret 2009. Dia ditembak di kawasan Tangerang, Banten.
Pada bulan Mei 2009, Antasari ditangkap.
Kasus tersebut membuat Antasari berhenti dari pimpinan KPK.
Dia divonis 18 tahun penjara pada tahun 2010. Namun, setelah menjalani dua per tiga masa hukuman, Antasari bebas bersyarat.Antasari kemudian dinyatakan bebas murni setelah mendapatkan grasi dari Presiden Joko Widodo.
Kini, Antasari kembali berjuang untuk mengungkap kasusnya. Dia merasa menjadi korban kriminalisasi.