Sugiharto juga berperan sebagai pejabat pembuat komitmen dalam sengkarut proyek senilai Rp6 triliun itu. Dia diduga telah menyalahgunakan kewenangan sehingga merugikan keuangan negara sebesar Rp2 triliun.
Adapun berdasarkan hasil audit Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) yang dilakukan pada semester I tahun 2012 silam, ditemukan adanya pelanggaran dalam pelaksanaan tender e-KTP, yakni melanggar Peraturan Presiden Nomor 54 Tahun 2010 tentang Pengadaan Barang dan Jasa Pemerintah. Pelanggaran tersebut telah berimbas kepada penghematan keuangan negara.
Dalam auditnya, BPK menemukan ketidakefektifan pemakaian anggaran dalam proyek ini sebanyak 16 item dengan nilai Rp6,03 miliar, dan tiga item senilai Rp605,84 juta. Kemudian terdapat lima item yang diindikasikan merugikan keuangan negara senilai Rp36,41 miliar, dan potensi kerugian negara sebanyak tiga item senilai Rp28,90 miliar.
Selain itu, BPK juga menemukan pelanggaran dalam proses pengadaan proyek e-KTP. Dari hasil audit BPK juga disimpulkan bahwa konsorsium rekanan yang ditunjuk, yakni Percetakan Negara Republik Indonesia, tidak dapat memenuhi jumlah pencapaian e-KTP Tahun 2011 yang telah ditetapkan dalam kontrak. Hal tersebut terjadi karena PNRI tidak berupaya memenuhi jumlah penerbitan e-KTP Tahun 2011 sesuai kontrak.
Dalam audit BPK disebutkan juga terdapat 'kongkalikong' yang dilakukan antara PT. PNRI dengan Panitia Pengadaan. Persekongkolan itu terjadi saat proses pelelangan, yakni ketika penetapan Harga Perkiraan Sendiri.