Pada tahun 1998, pangkatnya naik menjadi AKBP dan ditempatkan di Kabagsus Lantas Subdit Regiden Dit Lantas Polri. Pada tahun 1999, dia diangkat menjadi ajudan Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri dan pada tahun 2001 dia diangkat menjadi ajudan Presiden Megawati Soekarnoputri.
Budi kemudian dipromosikan menjadi Brigjen pada tahun 2003 dan menjabat sebagai Karo Binkar Desumdaman Polri. Pada tahun 2009, dia dipromosikan menjadi Irjen dan menjabat sebagai Kadiv Binkum Polri.
Budi kemudian menjadi Kadiv Propam Polri pada 2010 dan menjadi Kapolda Bali pada 2012, serta diakhir tahun 2012 dia diangkat menjadi Kalemdikpol dengan pangkat Komjen Pol.
Pada 2015, Budi dilantik menjadi Wakapolri. Namanya saat itu sempat diajukan menjadi Kapolri. Namun, karena dijadikan tersangka oleh KPK, akhirnya batal. Kemudian dia lakukan praperadilan dan menang. Status tersangkanya pun dicabut lagi.