Sayangnya, upaya polisi untuk menghentikan teror tersebut tak sepenuhnya berhasil, sebab ada beberapa orang yang berhasil lolos. Dari mereka, ada yang terlibat dalam kasus perampokan CIMB Medan, serta pembantaian di Polsek Hamparan Perak. Hingga tumbuhnya sel terorisme di Klaten, Jawa Tengah. Rangkaian perampokan dan pembunuhan tersebut disimpan dan digunakan sebagai dana pelatihan calon anggota baru, tempat yang dipilih adalah Poso.
Operasi Khusus Memburu Santoso Melihat ancaman yang cukup membahayakan masyarakat dan NKRI, pemerintah Indonesia melalui Polri kemudian menggelar operasi khusus perburuan Santoso dan para pengikutnya dengan sandi 'Operasi Camar Maleo' pada 2015 yang melibatkan personel Polri dan kesatuan-kesatuan elite seperti Densus 88 Anti Teror dan Brimob.
Operasi ini berlangsung empat tahap yakni Camar Maleo I sampai IV, yang setiap tahapnya berjalan tiga bulan.
Di penghujung Operasi Camar Maleo I pada Maret 2015, TNI menggelar latihan khusus Pasukan Pemukul Reaksi Cepat (PPRC) yang melibatkan sekitar 3.500 personel TNI dari tiga angkatan, berlangsung selama 10 hari.
Operasi ini tidak menyasar penangkapan Santoso sebagai target akhir, tetapi sangat membantu dalam memporak-porandakan markas-markas Santoso di dalam hutan dan menemukan jejak-jejak persembunyian dan tempat-tempat latihan militer mereka.
Hingga akhir 2015, Operasi Camar Maleo I sampai IV gagal menangkap Santoso, namun berhasil meringkus satu persatu anggota Santoso dalam keadaan hidup dan mati serta mempersempit ruang gerak mereka.
Operasi perburuan Santoso tak berhenti. Pada 2016, operasi dilanjutkan dengan sandi Tinombala. Personelnya juga melibatkan secara langsung anggota TNI, khususnya satuan-satuan elite di lingkungan TNI Angkatan Darat.
Sebanyak 2.500 personel Polri dan TNI dikerahkan dalam operasi yang berlangsung sejak 9 Januari 2016 itu. Operasi ini berjalan semakin taktis dan efektif sehingga kelompok Santoso berhasil dipecah-belah dan menjadi tidak kompak. Suplai logistik mereka ditutup sehingga mereka mengalami kelaparan dan menutup akses masuknya penyusup baru untuk bergabung dengan kelompok ini.
Akhirnya, satu persatu anggota kelompok Santoso ini diringkus, ada yang tewas dalam kontak senjata ada pula yang ditangkap hidup-hidup bahkan ada yang menyerahkan diri.
"Setelah Santoso dan Mochtar tewas kemarin, saat ini kelompok pimpinan Santoso ini tinggal 19 orang," kata Leo Bona Lubis.