Menurut Menteri Basuki, untuk jalan tol yang fungsional meski belum di rigid (perkerasan jalan), paling tidak sudah lean concrete (lapisan beton) sehingga tidak berdebu.
Selain penambahan dan pemanfaatan ruas jalan tol, dilakukan juga peningkatan aspek keselamatan,peningkatan fasilitas pelayanan di rest area dan pengintegrasian sistem pembayaran jalan tol.
Seluruh pekerjaan fisik infrastruktur di lapangan diperkirakan akan selesai secara fungsional pada H-14, kemudian Kementerian PUPR juga menyiapkan alat berat di lokasi-lokasi rawan longsor untuk penanganan darurat dan tetap menyiagakan tim satgas banjir untuk mengantisipasi rob.
Untuk integrasi sistem pembayaran tol telah diuji coba sejak 13 Juni 2016 lalu. Pengintegrasian sistem pembayaran tol meliputi tujuh ruas jalan tol yang melibatkan empat Badan Pengatur Jalan Tol (BUJT). Kemudian untuk ruas Jakarta-Brebes Timur dari tujuh gerbang tol menjadi tiga sehingga dapat mengurangi antrian.
Sementara untuk pembayaran tetap dapat dilakukan secara tunai maupun non tunai menggunakan e-payment dari beberapa bank dan di Palimanan jadi gerbang bersama, dari 11 menjadi 26 gardu.
Sebelumnya diberitakan bahwa Presiden meresmikan penerapan integrasi sistem pembayaran tol di Brebes, Jawa Tengah, Kamis (16/6). Integrasi sistem pembayaran tol terbagi dua cluster yaitu Jakarta-Cikampek-Purwakarta-Padalarang-Cilenyi serta Cikopo-Palimanan (cluster 1) dan Palimanan-Kanci-Pejagan-Pemalang (cluster 2).
Dengan terintegrasinya pembayaran tol dari Jakarta hingga Brebes Timur, maka transaksi dilakukan secara tertutup pada tiga gerbang tol yaitu Gerbang Tol Cikarang Utama (pengambilan kartu untuk cluster 1), Palimanan (pembayaran tol untuk cluster 1 dan pengambilan kartu untuk cluster 2) dan Brebes Timur (pembayaran tol cluster 2).
Sebagai informasi, pembayaran tol secara ekektronik dilakukan secara multibank serta ditunjang dengan partisipasi dari empat bank nasional yaitu Bank Mandiri, BCA, BNI dan BRI pada cluster 1 dan cluster 2 ditunjang oleh Bank Mandiri, BNI dan BRI.
Selain Kementerian PUPR, ada beberapa kementerian/lembaga yang juga membahas Persiapan Arus Mudik Lebaran 2016 seperti Kementerian Perhubungan, Badan Meteorologi, Klimatologi dan Geofisika (BMKG), Korlantas Polri dan Badan SAR Nasional (Basarnas).