Banjir dan longsor juga berdampak pada korban meninggal dan hilang di Kabupaten Kebumen. Data BPBD Kebumen menyebutkan bahwa dua orang meninggal dan enam orang hilang. Di samping itu, puluhan rumah rusak dan ratusan lain terendam banjir, sedangkan empat jembatan rusak di lokasi yang berbeda.
Pemerintah Kabupaten Kebumen menetapkan masa tanggap darurat 15 hari, terhitung pada 19 Juni hingga 3 Juli 2016. Selama masa tanggap darurat, Komandan Kodim 0709 ditunjuk oleh Bupati Kebumen sebagai Komandan Tanggap Darurat.
Banjir dan longsor di Kebumen dipicu oleh hujan yang terjadi di sebagian besar wilayah ini sejak pukul 15.00 hingga 24.00 waktu setempat. Sementara itu, Badan Meteorologi, Klimatologi dan Geofisika telah mengeluarkan peringatan dini cuaca untuk periode 20 – 22 Juni 2016.
Peringatan BMKG menyebutkan bahwa beberapa wilayah berpotensi hujan lebat disertai kilat dan angin kencang atau puting beliung. Wilayah yang berpotensi antara lain Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang Bekasi, Banten, Jawa Barat, Jawa Tengah, DI Yogyakarta dan Jawa Timur.
Menyikapi insiden yang melanda Jawa Tengah dan peringatan dini cuaca, Kepala BNPB mengimbau masyarakat untuk terus meningkatkan kewaspadaan dan kesiapsiagaan mengantisipasi potensi banjir dan longsor karena potensi curah hujan yang tinggi.