Samadikun telah divonis bersalah dalam kasus penyelewengan dana bantuan Bank Indonesia senilai sekitar Rp2,5 triliun. Kerugian negara dalam kasus tersebut mencapai Rp169 miliar.
Bekas Presiden Komisaris Bank PT. Bank Modern Tbk. itu dihukum empat tahun penjara pada tahun 2003. Tetapi setelah divonis, dia kabur dan setelah 13 tahun, dia berhasil ditangkap.