Tak lama kemudian setelah Ahok melayangkan surat ke Mahkamah Kehormatan BPK RI, pada tanggal 18 Agustus 2015, Inspektur Utama selaku Panitera Majelis Kehormatan Kode Etik (MKKE) BPK RI, Mahendro Sumardjo membalas surat tersebut. Ia menyampaikan bahwa surat pengaduan Ahok telah diterima dan teregistrasi dengan Nomor 03/RP/Majelis Kehormatan/08/2015.
"Selanjutnya untuk kepentingan Sidang MKKE, pelapor akan dipanggil untuk dimintai keterangan," demikian isi surat yang diterima Ahok pada 19 Agustus 2015.
Namun, sampai bulan April 2016 Ahok belum dimintai keterangan.
Apabila mengacu pada Peraturan BPK RI Nomor 1 Tahun 2013 seharusnya pada 14 September 2015 sidang Majelis Kehormatan seharusnya diselenggarakan.
Ahok menduga ada oknum di BPK dan MKKE BPK mencoba memutarbalikan fakta. Ahok mengklaim dalam pembelian RS Sumber Waras semua prosedur yang diatur dalam undang-undang telah dilakukan pemprov DKI Jakarta.