Masalah Sumber Waras semakin mengemuka setelah ada laporan hasil pemeriksaan BPK ke KPK. BPK menilai pemerintah tidak tepat dalam menentukan patokan harga nilai jual objek pajak sehingga yang dibayarkan pemerintah mengalami penggelembungan. Pemerintah Jakarta berpatokan pada NJOP di Jalan Kyai Tapa sebesar Rp20 juta. Sementara menurut BPK acuan harga beli bisa didasarkan pada nilai NJOP di Jalan Tomang Utara yang cuma Rp7 juta.
Tapi, Ahok kemudian mengklarifikasinya saat dipanggil KPK.