Siyono terduga teroris itu, ditangkap oleh pasukan Densus Antiteror Mabes Polri di rumahnya di Dukuh Brengkungan, Desa Pogung, Kecamatan Cawas Kabupaten Klaten, Jawa Tengah, Rabu (9/3/2016).
Pasukan Densus 88 yang didukung anggota Polres Klaten kemudian melakukan penggeledahan di rumah Siyono, pada Kamis (10/3/2016) siang. Kepala Desa Pogung Joko Widoyo mengaku dipanggil oleh polisi sebagai saksi saat dilakukan penggeledahan di rumah Siyono itu.
Namun, Joko Widoyo tidak mengetahui barang-barang apa yang ditemukan di rumah Siyono tersebut. Polisi membawa barang dalam bungkusan plastik untuk dibawa pergi dari rumah itu.