Prinsip-prinsip Yogyakarta ini merupakan panduan universal untuk menerapkan hukum HAM internasional untuk pelanggaran yang dialami oleh kelompok seksual minoritas. Prinsip Yogyakarta ini juga menjadi dasar Komnas HAM dalam mendorong terpenuhinya hak-hak kelompok LGBT oleh negara.
Sesungguhnya keberadaan komunitas LGBT telah diakui oleh negara, antara lain dengan adanya Peraturan Menteri Sosial Nomor 8 Tahun 2012 terkait kelompok minoritas, yang menyebutkan adanya gay, waria, dan lesbian.