Vonis ini diperbaiki oleh Pengadilan Tinggi Jakarta yaitu menambah hukuman Indar menjadi 8 tahun penjara dan namun menghapus pidana uang pengganti Rp 1,3 triliun.
Perkara IM2 menjadi perhatian banyak pihak karena ada dua putusan kasasi yang tidak sinkron. Pertama, kerja sama Indosat dan anak usahanya tersebut dianggap merugikan negara senilai Rp1,3 triliun berdasarkan perhitungan BPKP.
Hal ini tertuang dalam putusan Kasasi Nomor 282K/PID.SUS/2014 tertanggal 10 Juli 2014, yang memutuskan Direktur Utama PT Indosat Mega Media (IM2) Indar Atmanto dijatuhi hukuman pidana selama delapan tahun disertai dengan denda sebesar Rp 300 juta, dan kewajiban uang pengganti sebesar Rp 1,358 triliun yang dibebankan kepada IM2 sebagai korporasi meskipun belum pernah dituntut di pengadilan.
Sedangkan putusan kasasi Nomor 263 K/TUN/2014 tertanggal 21 Juli 2014, yang isinya menolak kasasi yang diajukan Deputi Kepala BPKP Bidang Investigasi atas putusan PTUN perkara IM2.
Dalam putusan PTUN di tingkat pertama dan banding, PTUN memutuskan hasil perhitungan BPKP bahwa ada kerugian negara Rp 1,3 triliun dalam perkara IM2 adalah tidak sah. Putusan PTUN pada 1 Mei 2013 lalu mengabulkan gugatan mantan Dirut IM2, Indosat, dan IM2 terkait laporan audit BPKP yang menyatakan adanya kerugian negara Rp 1,3 triliun dalam pembangunan jaringan frekuensi radio 2.1 GHz/3G oleh Indosat dan IM2.
Saat itu, dalam pertimbangannya, PTUN menyatakan, audit kerugian negara oleh BPKP dalam kasus Indosat-IM2 tidak sah. Pertama, BPKP dinilai tidak berwenang mengaudit badan hukum swasta, seperti Indosat dan IM2.
Berdasarkan UU No. 20 Tahun 1997 tentang Penerimaan Negara Bukan Pajak, BPKP harusnya memeriksa internal instansi pemerintah, bukan badan usaha atau lembaga-lembaga swasta.
Dengan ditolaknya kasasi dari BPKP tersebut, otomatis putusan PTUN tingkat pertama dan banding yang memutuskan hasil perhitungan BPKP ada kerugian negara Rp 1,3 triliun, tidak berlaku lagi. Meski terdapat kejanggalan MA bersikukuh menyatakan Indar Atmanto sebagai pesakitan.