Independensi Kejak saan Agung dipertanyakan dalam menangani dugaan korupsi dana bantuan sosial Pemerintah Provinsi Sumatera Utara yang telah menyeret mantan Gubernur Sumatera Utara Gatot Pujo Nugroho dan mantan Sekretaris Jenderal Partai Nasional Demokrat Patrice Rio Capella.
Menanggapi tudingan ada kepentingan politik dalam penanganan kasus tersebut, Jaksa Agung Muhammad Prasetyo sempat berang. Ia membantah ada kongkalikong antara kejaksaan dan kepentingan politik.
"Siapa bilang baru terkuak. Dari mana kamu tahu baru terkuak dan seret-seret segala macam itu," kata Prasetyo di Kejaksaan Agung, Jakarta Selatan, Kamis (5/11/2015).
Dia menjelaskan kasus penyelewengan dana bansos mulanya ditangani Kejaksaan Tinggi Sumatera Utara, kemudian perkara digugat Pemprov Sumut di PTUN dan kejaksaan kalah. Namun belakangan terungkap ternyata ada praktek suap dalam penanganan perkara. Hal itu terungkap dalam operasi tangkap tangan oleh Komisi Pemberantasan Korupsi.
"Memang sejak awal kami akan mengungkapkan kasus penyimpangan dana bansos itu. Jadi bedakan OTT, kami dengan penanganan kasus bansosnya," katanya.