Dia diduga melakukan perbuatan melawan hukum sehingga merugikan keuangan negara dalam pelaksanaan pengadaan proyek e-KTP mencapai Rp1,12 triliun. Nilai proyek pengadaan e-KTP dibawah pimpinan Gamawan Fauzi yang saat itu menjadi Menteri Dalam Negeri mencapai Rp5,9 triliun.
KPK menjerat Sugiharto dengan Pasal 2 Ayat (1) subsider Pasal 3 Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan UU Nomor 20 Tahun 2011 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Pasal 55 Ayat (1) ke-1 juncto Pasal 64 Ayat (1) KUHP.
Proyek e-KTP diketahui digarap lima perusahaan yang tergabung dalam konsorsium, PNRI (pencetakan), LEN Industri (alih teknologi, AFIS), Quadra Solution (hardware dan software), Sucofindo (bimbingan teknis), dan PT. Sandipala Arthaputra yang kebagian porsi pencetakan.