Waryono Karno didakwa melakukan perbuatan secara melawan hukum bersama Sri Utami dengan memerintahkan pengumpulan dana untuk membiayai kegiatan pada Sekretariat Jenderal KESDM yang tidak dibiayai APBN.
Total kerugian negara atas perbuatan mereka ditaksir mencapai Rp11,1 miliar. Waryono diduga telah memerintahkan pemecahan paket pekerjaan untuk menghindari pelelangan umum dalam Kegiatan Sosialisasi Sektor Energi dan Sumber Daya Mineral Bahan Bakar Minyak Bersubsidi tahun 2012, Kegiatan Sepeda Sehat dalam Rangka Sosialisasi Hemat Energi Tahun 2012, dan Perawatan Gedung Kantor Sekretariat Energi dan Sumber Daya Mineral Tahun Anggaran 2012.
Atas perbuatannya, Waryono dijerat dengan Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 juncto Pasal 18 Undang-Undang RI nomor 31 tahun 1999 sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Pasal 55 ayat (1) ke-1 juncto Pasal 65 ayat (1) KUHPidana.