Pada 28 Agustus 2000, majelis hakim memutuskan Joko lepas dari segala tuntutan. Namun, Jaksa Penuntut Umum Antasari Azhar pada 21 September 2000 mengajukan kasasi. Kemudian, melalui voting Majelis Hakim Agung, Mahkamah Agung (MA) melepas Joko dari segala tuntutan pada 26 Juni 2001.
Lima tahun kemudian, Oktober 2008, Kejaksaan Agung mengajukan peninjauan kembali (PK) atas kasus cessie Bank Bali.
Joko pun kembali diajukan sebagai terdakwa ke Mahkamah Agung Pada 11 Juni 2009, MA memutuskan menerima PK yang diajukan jaksa. Joko dituntut dua tahun penjara, dan membayar denda Rp15 juta, serta menyita uang Joko Rp546 miliar di Bank Permata untuk dikembalikan ke negara.
Namun, sehari sebelum putusan PK pertama keluar atau pada 10 Juni 2009, Joko lari ke Papua Nugini, dan sejak itu keberadaannya tidak diketahui hingga sekarang.