Pemred Jakarta Post diproses berdasarkan Laporan Polisi Nomor: 687/VII/2014 tertanggal 15 Juli 2014. Laporan dibuat Ketua Majelis Tabligh dan Dakwah Korps Mubaligh Jakarta Edy Mulyadi yang menyatakan, harian The Jakarta Post edisi terbitan 3 Juli 2014 memuat kartun yang mencantumkan karikatur dengan kalimat bertulisan Arab La ilaha illallah yang berarti "Tidak ada Tuhan selain Allah" pada sebuah gambar tengkorak khas bajak laut merupakan penghinaan terhadap agama.
Aliansi Jurnalis Independen Indonesia mengecam tindakan polisi menetapkan Meidyatama sebagai tersangka tindak pidana penistaan agama. Menurut AJI, kasus pemuatan karikatur yang diduga menghina agama tertentu itu telah diselesaikan di Dewan Pers.
Ketua Umum AJI Suwarjono menyatakan The Jakarta Post telah melaksanakan sanksi yang diputuskan Dewan Pers yaitu koreksi dan meminta maaf.
“Jakarta Post telah meminta maaf dan menyatakan mencabut karikatur tersebut,” katanya.
Permintaan maaf dalam dua bahasa yang dilakukan Jakarta Post, kata Jono, menunjukkan itikad baik dari Jakarta Post bahwa pemuatan karikatur tersebut tidak bermaksud menghina atau menistakan satu agama tertentu. Bahkan justru, kata Suwarjono, itikad pemuatan karikatur tersebut adalah mengingatkan publik tentang bahaya sebuah organisasi radikal yang bisa mengancam ketertiban sipil dan bahkan kemerdekaan berpendapat di Indonesia.
AJI mendesak polisi menghentikan penyidikan dugaan pidana atas Meidyatama. Polisi hendaknya mengutamakan penyelesaian kasus pers oleh Dewan Pers dan dalam hal ini, Jakarta Post telah beritikad baik menjalankan proses di Dewan Pers. Sebagaimana diatur dalam Pasal 15 Undang-undang Nomor 40 tahun 1999 tentang Pers, Dewan Pers memiliki kewenangan menyelesaikan pengaduan masyarakat atas kasus-kasus yang berhubungan dengan pemberitaan pers.
AJI juga mengimbau publik untuk tidak mudah melakukan kriminalisasi atas media, sebaiknya sampaikan keberatan atau keluhan ke Dewan Pers. Kebebasan pers yang dinikmati media hari ini, menurut Jono, adalah bagian dari kebebasan berpendapat rakyat.
"Sudah ada MoU antara Dewan Pers dan Kepolisian RI yang ditandatangani Pak Bagir Manan dan Jenderal Pol Timur Pradopo tahun 2012 lalu. Kasus ini jelas wewenang Dewan Pers untuk menangani dan menyelesaikan. Langkah polisi melanjutkan kasus ini sudah masuk kriminalisasi media yang dilakukan negara," kata Jono.
Sebelumnya, anggota Dewan Pers Yosep Adhi Prasetyo menyatakan bahwa kasus pemuatan karikatur ISIS itu hanya pelanggaran kode etik jurnalistik. Menurut Yosep, Jakarta Post tak bisa dikatakan melakukan tindak pidana.
"Pihak polisi seharusnya melihat pelanggaran etik, bukan pidana. Selesainya di Dewan Pers," kata Stanley.