Ada beragam versi yang muncul berkaitan dengan muasal kerusuhan.
Versi Komnas Ham menduga kerusuhan bermula dari sejumlah warga yang marah dan menyerang kantor pos Koramil dan Polsek Paniai Timur.
Penyerangan itu berbalas dengan letusan tembakan yang mengakibatkan warga tewas.
Versi lainnya menyebut kemarahan warga hingga menyerang pos karena sebelumnya ada warga setempat yang diduga jadi korban pemukulan aparat hingga pingsan. Belum diketahui apa yang memicu aksi pemukulan tersebut.