Empat penyimpangan terjadi dalam tahap perencanaan, anggaran kontrak tahun jamak yang tak memenuhi persyaratan, pelaksanaan pekerjaan dan terdapat penyimpangan pada tahap pembayaran.
Andi Mallarangeng didakwa memperkaya diri sendiri, orang lain, dan korporasi terkait proyek P3SON di Hambalang, Bogor, Jawa Barat. Dalam surat dakwaan jaksa, Andi memang disebut tidak menerima langsung uang sebesar 500 ribu dolar Amerika terkait proyek tersebut.
Pemberian uang itu seluruhnya diterima oleh sang adik, Choel Mallarangeng dari Deddy Kusdinar di rumahnya. Juga disebutkan dalam dakwaan, ada pemberian uang sebanyak Rp 4 miliar dari PT Global Daya Manunggal yang juga diterima secara bertahap melalui Choel.