Selain PN Trenggalek, Kementerian Agama (Kemenag) juga memberikan tindakan tegas. Kemenag langsung mencabut izin ponpes milik Kiai Supar.
Kiai Supar sendiri melancarkan aksi bejatnya di lingkungan pesantren. Tempat kejadian perkara kasus pemerkosaan ini terjadi di ruang kelas dan kamar khusus dekat imaman masjid.