Selama di Yogyakarta, Gus Miftah banyak mengikuti pengajian dengan ngaji kalong di pesantren-pesantren.
Belakangan, Gus Miftah banyak memberikan ceramah. Dia juga memimpin pesantren di Yogyakarta yang diberi nama Ora Aji. Di tengah kesibukannya, pendakwah yang identik dengan kaca mata hitam dan blangkon tersebut melanjutkan pendidikan sarjana di Universitas Islam Sultan Agung Semarang dengan mengambil program studi Pendidikan Agama Islam.
Dia ujian skripsi pada 2023 dengan mendapat nilai summa cumlaude. Usai dinyatakan lulus, dia berniat untuk meraih gelar magister dan doktoral.