Khalisa adalah putri pertama dari pasangan Kartika Putri dan Habib Usman bin Yahya. Ia memiliki seorang adik bernama Khadeejah Aaliyah Basira.
Tumbuh di keluarga religius, membuat Khalisa memahami ajaran agama Islam sejak kecil. Ia juga dibiasakan untuk membaca Alquran dan hafalan surat pendek.
Menilik postingan akun @khalisaworld, di usianya yang baru 5 tahun, Khalisa disebut mengaji hingga juz 7 Al Quran dan sudah tuntas hafalan juz 30.
Tak hanya diajari pendidikan agama, Khalisa juga mengenyam pendidikan umum. Kartika dan sang suami menyekolahkan putri mereka ke salah satu sekolah international di Jakarta.
"Khalisa sekolahnya di international school. Karena buat aku harus open minded," ujar Kartika Putri pada 2023.