Sementara itu Nasution baru bisa bergabung di Markas Kostrad bersama Soeharto dan para perwira pada sore harinya.
Presiden Sukarno sebenarnya sudah menunjuk Asisten III bidang Personel Mayjen Pranoto Reksosamodra sebagai caretaker Panglima Angkatan Darat begitu mendapat kabar hilangnya Ahmad Yani.
Namun keputusan Sukarno ini tidak dipatuhi Soeharto. Soeharto melarang Pranoto menemui Presiden Sukarno. Alasan Suharto ia tak ingin ada jenderal lagi menjadi korban di tengah suasana yang sedang kalut.
Nasution sendiri mengikuti keputusan perwira Angkatan Darat yang mengangkat Soeharto sebagai carataker Panglima AD.
Sebagai orang yang berkuasa penuh saat itu, Soeharto dengan leluasa memberikan perintah kepada pasukannya untuk melumpuhkan pasukan yang terlibat dalam G30S PKI.
Soeharto juga memerintahkan pasukan Resimen Para Komando Angkatan Darat (RPKAD) menyerbu Pangkalan Udara Halim Perdanakusuma yang dianggap sebagai tempat persembunyian para tokoh G30S PKI dan tempat para jenderal yang diculik disembunyikan.
Hingga akhirnya Ahmad Yani dkk berhasil ditemukan di dalam sumur tua di Lubang Buaya dalam keadaan tidak bernyawa.