Nama Moerdiono makin moncer usia pecahnya G30S, kala itu ia menjadi staf dari Letnan Kolonel Sudharmono di Penguasa Perang Tertinggi (Peperti). Ia berperan dalam membuat SK pembubaran PKI berdasarkan Supersemar atau Surat Perintah Sebelas Maret.
Pada 1972, ia menjabat sebagai Sekretaris Presiden dalam Kabinet Ampera kemudian menjadi Mensesneg pada tahun 1983-1998.