Kemudian rof. Muhammad Nasih menjadi Ketua Program Doktor Ilmu Ekonomi Islam di 2011 hingga 2015, lima tahun berikutnya menduduki posisi Wakil Rektor II UNAIR, hingga akhirnya menjabat sebagai rektor selama dua periode.
Sebagai akademisi di bidang akuntansi, Prof Nasih aktif mengikuti beberapa organisasi profesi, seperti Masyarakat Ekonomi Islam (MES), Ikatan Sarjana Ekonomi Indonesia (ISEI), Ikatan Akuntan Indonesia (IAI), Pakar Ekonomi Islam Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia (IAEI), Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia (ICMI), dan masih banyak lainnya.