Ia langsung mendirikan Paguyuban bernama Pondok Pesantren Tajul Alawiyyin di Kemang Bogor setelah dirinya selesai menempuh pendidikan di pesantren.
Selain sebagai seorang pengasuh pondok pesantren, Habib Bahar juga menjadi Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) Majelis Pembela Rasulullah yang bermarkas di Pondok Aren, Tangerang Selatan.
Status habaib Bahar bin Smith sempat jadi isu panas

Tak hanya Rhoma Irama, status habaib yang disandang oleh Bahar bin Smith kerap jadi bahasan panas oleh kalangan agamawan.
Rekan sejawat Habib Bahar bin Smith, Ustaz Abdul Somad atau UAS.
UAS terlebih dahulu menarik garis keturunan dari Nabi Muhammad hingga Muhammad Al Baqir, Musa Al Kadim, Ismail, dan Ali Al Uraydi.
Kemudian dari keempat putra Nabi Muhammad tersebut turun ke beberapa generasi yang hidup di Irak hingga Yaman.
Keturunan Rasulullah tersebut akhirnya mengembara hingga ke kepulauan Nusantara.
"Kemudian turun ke bawah inilah yang banyak marga-marga yang sampai ke Nusantara," ungkap UAS dalam ceramahnya.
Baca Juga: Jejak Kriminal Habib Bahar bin Smith, Kini Berseteru dengan Rhoma Irama soal Nasab
Adapun beberapa keturunan Rasulullah tersebut termasuk Al Hadad, Al Jifri, Alidrus, bin Shihab, bin Yahya, bin Syekh Abu Bakar, yang masih satu darah dengan Habib Bahar bin Smith.