Suhartoyo kemudian terpilih sebagai Ketua Mahkamah Konstitusi menggantikan Anwar Usman. Suhartoyo menggantikan Anwar Usman yang dicopot dari jabatannya setelah dinyatakan melakukan pelanggaran kode etik berat oleh Majelis Kehormatan Mahkamah Konstitusi (MKMK).
Pemilihan Suhartoyo dilakukan secara musyawarah mufakat dalam Rapat Pleno Hakim (RPH). Kala itu, ada dua hakim yang bersedia menjadi Ketua MK, yakni Suhartoyo dan Saldi Isra.
Akhirnya, nama Suhartoyo disepakati untuk menjadi pemimpin MK ke depannya.