Ia mengenyam pendidikan agama di dalam dan di luar negeri. Diantaranya di Pondok Pesantren Al-Falah Kolomayan, Blitar, Jawa Timur. Di sana ia belajar selama 8 tahun di bawah asuhan Al-Murobbi KH. Imron Mahbub.
Buya Yahya juga pernah menjadi murid Kiai Muhammad Ruba’I Marzuqi, yang merupakan murid dari KH. M. Arwani Kudus.
Buya Yahya lanjut menimba ilmu agama di Pondok Pesantren Darullughah Wadda’wah, Bangil, Pasuruan, selama 8 tahun, di bawah asuhan Al-Murobbi Al-Habib Hasan Bin Ahmad Baharun.
Sementara pendidikan di luar negeri ia jalani selama 9 tahun kepada para ulama di Tarim dan Mukalla, Hadramaut - Yaman.
Buya Yahya menimba ilmu agama di bawah asuhan Al-Murobbi Al-Habib Abdullah bin Muhammad Baharun dan Al-Murobbi Al-Habib Idrus bin Umar Al-Kaf.
Pendidikan formal Buya Yahya

Selain pendidikan agama, Buya Yahya juga menjalani pendidikan formal, seperti anak-anak lain pada umumnya.
Jenjang SD dan SMP ia lewati di daerah kelahirannya. Sementara SMA ia selesaikan di Pondok Pesantren Darullughah Wadda’wah.
Kemudian ia lanjut ke jenjang S1 dan S2 di Universitas Al-Ahgaf, Hadramaut, Yaman. Dan untuk program Ph.D didapat di American University for Human Sciences California, Amerika Serikat.
Baca Juga: Heboh Sepatu Ayu Ting Ting dan Nagita Slavina Senilai Rp15 Juta Kembar, Siapa yang Plagiat?
Buya Yahya juga dikukuhkan menjadi Guru Besar Kehormatan dalam Hukum Islam di Universitas Sultan Agung, Semarang, Jawa Tengah.