Siti Atikoh diketahui pernah mengeyam pendidikan S1 di Fakultas Tekonologi Pertanian, Universitas Gadjah Mada (UGM). Kurang lebih tujuh tahun ia menempuh kuliah disini, yaitu mulai 1990-1997.
Setelah berhasil meraih ijazah S1, istri Ganjar Pranowo ini lanjut berkuliah S2 Perencanaan dan Wilayah Kota di Institut Teknologi Bandung (ITB). Ia berhasil lulus dan mendapat gelar Magister Teknik pada 2008.
Siti Atikoh pun sangat erat hubungannya dengan Jepang. Pasalnya, ia kembali meneruskan studi S2-nya di Universitas Tokyo dengan mengambil jurusan kebijakan publik.