Hal ini tentu tak lepas dari keluarganya yang masih terkait dengan Pondok Pesantren Riyadus Sholikhin Kalijaran, Karanganyar, Purbalingga, Jawa Tengah. Pasalnya Siti Atikoh adalah cucu dari KH Hisyam A Karim yang merupakan pendiri pondok pesantren tersebut.
Siti Atikoh sendiri baru bertemu dengan Ganjar Pranowo saat menjalani Kuliah Kerja Nyata (KKN) di Temanggung, Jawa Tengah pada tahun 1994. Lalu lima tahun setelahnya Ganjar resmi menikahi Siti Atikoh dan dikaruniai anak pertama mereka, Muhammad Zinedine Alam Ganjar, pada tahun 2001.