Namun sejak usia 11 bulan, ayahnya meninggal sehingga Rizieq hanya diasuh oleh ibunya. Kendati sebagai orang tua tunggal, ibunya bekerja sebagai perias berjuang untuk pendidikan Habib Rizieq.
Setelah lulus di SDN 1 Petamburan, Tanah Abang, Jakarta Pusat pada tahun 1975, kemudian ia melanjutkan sekolah di SMP 40 Pejompongan, Jakarta Pusat.
Karena jarak yang lumayan jauh, akhirnya ia pindah ke SMP Kristen Bethel Petamburan yang jaraknya relatif lebih dekat dengan rumahnya.
Lalu ia melanjutkan di SMA Negeri 4 Jakarta di Gambir, tapi Rizieq lulus dari SMA Islamic Village Tangerang pada tahun 1982.
Selepas SMA, ulama yang tinggal di kawasan Petamburan ini menempuh kelas bahasa Arab di Lembaga Ilmu Pengetahuan Islam dan Arab (LIPIA).
Selang setahun kemudian, ia mendapat beasiswa dari Organisasi Kerjasama Islam (OKI) untuk kuliah di Arab Saudi, yang membuatnya belajar Studi Agama Islam (Fiqih dan Ushul Fiqh) di Universitas Raja Saud.
Kemudian Habib Rizieq melanjutkan pendidikan untuk program pascasarjana di Universitas Islam Internasional Malaysia.
Barulah pada tahun 2008, ia melanjutkan pendidikan bidang Syari'ah yang kemudian meraih gelar Master of Arts (M.A.) di Universitas Malaya.
Untuk program doktor, pada tahun 2012 ia mengambil program Dakwah dan Manajemen di Fakultas Kepemimpinan dan Pengurusan Universitas Sains Islam Malaysia (USIM).
Ia berhasil menyelesaikan pendidikan S3 dan meraih gelar doktor pada 15 April 2021 lalu.