Diketahui bahwa Cak Imin juga lahir dari lingkungan pesantren, sama seperti Gus Dur. Dia lahir di Jombang, Jawa Timur, pada 24 September 1966. Keluarga besar bagian dari Pondok Pesantren (Ponpes) Mambaul Ma’arif di Denanyar. Cak Imin menjadi anak keempat dari enam bersaudara.
Ayah Cak Imin, yang juga bernama Muhammad Iskandar, merupakan pengajar di Ponpes Mambaul Ma’arif. Sementara itu ibunya, Muhassonah Iskandar, jadi pimpinan di Pesantren Putri Mambaul Ma’arif itu.
Secara silsilah keluarga, Cak Imin memang masih menjadi kerabat dengan Gus Dur. Aliran darah itu terhubung dari Nyai Hj. Sholihah, ibu Gus Dur yang merupakan putri dari KH Bisri Syansuri, pendiri Ponpes Denanyar sekaligus salah satu pendiri Nahdlatul Ulama (NU).
Selain Nyai Hj. Sholihah, KH Bisri Syansuri juga memiliki putri bernama Mu’asomah yang menikah dengan KH Hasbullah Salim. Pasangan itu dikaruniai dua orang anak perempuan, salah satunya Muhassonah yang tak lain ibu dari Cak Imin. Sehingga, pada dasarnya, Gus Dur merupakan sepupu dengan ibu dari Cak Imin.
Sehingga, status Cak Imin sendiri bisa dibilang sebagai keponakan jauh dari Gus Dur. Dalam silsilah keluarga, KH Bisri Syansuri pun menjadi kakek dari Gus Dur sekaligus kakek buyut Cak Imin.