Selama kuliah, Anies memimpin Senat Mahasiswa UGM dan membentuk Badan Eksekutif Mahasiswa. Setelah itu, dia melanjutkan studi master di University of Marylan di bidang International Security and Economic Policy di University of Maryland, College Park dengan beasiswa.
Anies melanjutkan studinya setelah mendapat beasiswa program doktoral dari Northern Illinois University. Ia menulis disertasi mengenai “Otonomi Daerah dan Pola Demokrasi di Indonesia”.
Anies juga menjadi rektor termuda di Indonesia ketika dipilih menjadi Rektor Universitas Paramadina. Dia menciptakan program Fellowship dan mata kuliah Anti Korupsi sebagai bagian dari inisiatifnya dalam bidang pendidikan.