Usai lulus dari pendidikan kepolisian, Mathius ditugaskan di Pulau Kalimantan sebagai Pamapta Polresta Banjarmasin Polda Kalsel dan kemudian naik kelas sebagai Wakapolsek Banjarmasin Timur Polresta Banjarmasin.
Mathius mengabdikan kariernya di satuan Brigade Mobil alias Brimob.
Kala ia bertugas di Kepolisian Daerah Kalimantan Selatan, Mathius bertemu dengan istrinya, Rafatul Mulkiyah.
Mathius kemudian kembali ke tanah kelahirannya, Papua dan menjabat berbagai posisi strategis seperti Wakapolres Jayapura, Kapolres Jayapura, Wakapolda Papua Barat, hingga, Wakapolda Papua.
Terakhir, Mathius menikmati puncak kariernya sebagai Kapolda Papua.
Kiprah Irjen Mathius Fakhiri tangani konflik di Papua
Sebagai seorang polisi, Irjen Mathius banyak berkontribusi menangani konflik bersenjata di Papua yang melibatkan sejumlah kelompok kriminal bersenjata (KKB).
Mathius didapuk sebagai Wakil Kepala II Operasi Nemangkawi (sekarang disebut dengan Operasi Damai Cartenz.
Operasi tersebut merupakan operasi gabungan TNI dan Polri untuk menumpas beberapa KKB yang berkonflik di tanah Papua.
Baca Juga: Kronologi Massa Pengantar Jasad Lukas Enembe Bakar Kantor Denkesyah Korem 172/PWY Jayapura
Selama Mathius berkiprah, ia telah menghadapi berbagai KKB berbahaya seperti Fraksi Tinggi Nambut di bawah Goliath Tabuni.