Namun, pada 2018 Doni Monardo berhenti dari dunia militer. Dia mengemban tugas sebagai Sekretaris Jenderal Wantannas mulai dari 2018-2019. Setelah itu, ia menjabat sebagai Kepala BNPB lalu Ketua Gugus Tugas Percepatan COVID-19 di bulan Maret 2020.
Doni Monardo sendiri diketahui telah menikah pada 1992 dengan Santi Ariviani dan dikaruniai 3 orang anak. Bahkan, Doni Monardo juga telah memiliki cucu dari anak-anaknya itu.