Mahfud MD memulai mendidikan tingginya di Jurusan Hukum Tata Negara, Fakultas Hukum Universitas Islam Indonesia (UII) Yogyakarta. Ia juga berkuliah di Jurusan Sastra Arab Fakultas Sastra dan Kebudayaan UGM.
Kemudian Mahfud melanjutkan S2 di Ilmu Politik, Universitas Gajah Mada dan Program Doktoral S3 Ilmu Hukum Tata Negara juga di UGM.
Walau begitu, Mahfud aktif mengajar di Universitas Islam Indonesia (UII), UGM, UNS, UI, Unsoed, dan lebih dari 10 Universitas lainnya. Ia juga menjadi dosen pembimbing penulisan tesis dan desertasi di kampus-kampus tersebut.
Maka tidak heran jika ada mahasiswa UII yang jadi gagal bimbingan lantaran Mahfud diusung jadi cawapres.