Konflik internal di dalam kepengurusan PKB memaksa Yenny tak lagi menjadi anggota partai tersebut. Yenny Wahid pun diberhentikan dari jabatannya sebagai Sekjen. Yenny Wahid kemudian sempat beberapa kali membuat partai baru bikinannya sendiri. Termasuk Partai Kedaulatan Bangsa dan Partai Kedaulatan Bangsa Indonesia Baru. Namun, partai-partai itu tak terdengar lagi saat ini.
Pernah jadi wartawan
Sebelum terjun ke dunia politik, Yenny Wahid pernah bekerja sebagai wartawan. Profesi itu dilakoninya selepas mendapat gelar sarjana desain komunikasi visual dari Universitas Trisakti. Dia menjadi reporter di Timor-Timur dan Aceh sebagai koresponden koran terbitan Australia, The Sydney Morning Herald dan The Age (Melbourne) antara tahun 1997 dan 1999.
Yenny Wahid sempat kembali ke Jakarta setelah mendapat perlakuan kasar dari milisi, namun seminggu kemudian kembali ke Timor Timur. Liputannya mengenai Timor Timur pasca referendum mendapatkan anugrah Walkley Award.
Selain itu, Yenny Wahid juga tercatat pernah jadi komisaris indepenten Garuda Indonesia pada Januari 2020 sampai mengundurkan diri pada Agustus 2021.