Meski demikian, menahan napas juga berdampak pada tubuh. Ketika menahan napas, kadar oksigen dalam tubuh akan turun (hipoksia) serta karbon dioksida juga akan meningkat. Hal ini akan memicu otak bereaksi untuk mendorong tubuh bernapas.
Reaksi yang diberikan biasanya berupa rasa nyeri atau sensasi terbakar dalam dada. Ketika menahan napas dalam waktu lama, otot-otot akan berkontraksi. Jika kurangnya pasokan oksigen, tubuh akan mengalami kejang, kesulitan mengontrol gerakan, hingga hiperventilasi.
Lebih parahnya, jika menahan napas lebih dari 5 menit, seseorang dapat mengalami pingsan serta kerusakan di berbagai organ tubuh seperti hati, ginjal, serta otak.