Setelah merdeka, benteng ini sempat kembali ke tangan Belanda. Namun, akhirnya Benteng Vredeburg kembali direbut Indonesia dan dikelola APRI (Angkatan Perang Republik Indonesia).
Barulah pada tahun 1987, Benteng Vredeburg mulai dibuka untuk umum sementara status tanahnya adalah milik Keraton.
Sementara di tahun 1992, Mendikbud RI akhirnya mengesahkan Museum Benteng Vredeburg sebagai Museum Khusus Perjuangan Nasional dan berlaku hingga kini.

Museum Benteng Vredeburg sendiri buka setiap hari pada pukul 07.30 hingga 16.00 WIB. Sementara, pada hari Senin museum ini tutup.
Untuk harga tiket masuk, pengunjung Museum Benteng Vredeburg cukup membayar antara Rp 1.000 hingga Rp 10.000 dengan rincian:
1. Dewasa perorangan: Rp 3.000
2. Dewasa rombongan (min 20 orang): Rp 2.000
3. Anak-anak perorangan (TK, SD, SMP): Rp 2.000
4. Anak-anak rombongan (min 20 orang): Rp 1.000
Baca Juga: Mirip Raja Ampat, Begini 5 Potret Eksotis Telaga Biru Semin di Yogyakarta
5. Wisatawan asing: Rp 10.000